军事制度也进一步健全和完善。万户、千户按兵员多少分上、中、下三等，百户分上、下2等，万户、千户、百户分别设总管、总把、弹压执掌，总归枢密院管辖。侍卫分左、右、中、前、后五卫，由亲军都指挥使执掌。这样，从中央到地方，便形成一套完整的政治、经济、军事体制，使中央集权得到加强。
（二）恩威并施，刚柔兼济政策
蒙古贵族为了统治被征服的各民族，一方面在被征服地区驻以重兵，以资镇摄。史载“世祖皇帝既定海内，以蒙古一军留镇河上，与民杂耕，横亘中原，故将委忠信于国人，备非常于他日”；又载“世祖之时，海宇混一，然后命宗王将兵镇边徼襟喉之地，而河洛、山东据天下腹心，则以蒙古、探马赤军列大府以屯之”。在云南、八番（今贵阳）、四川、广东、福建等地也配备着大量蒙古、色目与汉族军队驻札。例如元代立于云南曲陀关的《都元帅府修文庙碑记》就说：“云南去京师万里，诸彝杂处，叛服不常，必威之以兵则久安而长治。”凡是敢于违抗其统治的，都坚决予以镇压，毫不留情。
但是，蒙古统治集团也深知，仅仅依靠武力威慑，是难以使被压迫民族帖服的，因而在武力镇压的同时，也常辅以“恩抚”手段，特别是在对待各民族的上层方面。例如忽必烈在取得汗位后，就分委刘秉忠、姚枢、郝经、张文谦、许衡、宋子贞等汉族儒士以各种重任，拜秉忠为“光禄大夫，位太保，参（领）中书省事”姚枢为中书左丞、昭文馆大学士，郝经为翰林侍读学士，张文谦为中书左丞，许衡为太子太保、集贤院大学士，宋子贞为益都路宣抚使、右三部尚书等职。又如对汉族地主武装首领张柔、史天泽等人，也百般眷顾。张柔曾“加荣禄大夫，判行工部事”、“封蔡国公”。史天泽则更升任至中书左、右丞相，“平章军国重事”。
对其余诸民族也是如此。例如回回人赛典赤·赡思丁、畏兀儿人廉希宪、契丹人耶律阿海、女真人赵良弼、党项人高智耀等，皆均分别委以显要官职。不少地方民族上层，如高昌偰氏家族，别失八里全氏、廉氏家族，吐蕃款氏家族，云南段氏家族等，还因为屡受封赏、世代为官而声势显赫一时。
（三）以地制宜，因俗施政方针
元朝虽然在全国统一后，分别于各地设立行省，又于行省下设路、府、州、县，管理各地事务，但由于幅员广大，民族众多，各地政治、经济、文化发展水平差异很大，因而在管理方面，也针对各地存在的不同情况，采取不同的措施：
在人口众多、经济文化较为发达的中原汉地一带，实行尊崇儒学，劝课农桑。蒙古贵族知道，要“帝中国当行中国事”。孔子儒家学说是广大汉族人民的道德准则和行为规范，也是历代封建王朝赖以统治人民的工具；农桑，是绝大多数汉族人民赖以生活的基础。于是，一面在政治上起用汉族儒士，协助治理朝政和地方事务，一面又大力宣扬儒家学说，并下令于各地设立学校，宣布保护孔庙和各地书院。与此同时，又反复重申，禁蒙古诸王将校，不得因田猎而践踏田亩，或辟农田为牧场。实行募民屯田，安辑流亡，兴修水利，奖励垦荒。为促进农业生产发展，还于中央置司农司，设劝农官，“专掌农桑水利”，“巡行郡邑，察举勤情”，颁“农桑之制十四条”，严申扰农禁令，使百姓安业力农。
于吐蕃地区实施“政教合一”制度。吐蕃在公元10世纪以后，农奴制度和藏传佛教都有较大发展，境内不仅教派林立，且僧俗封建主彼此互相勾结，形成强大的寺院集团，相互雄长。初以噶当派为最强，但由于未能掌握单一地区的行政权力，进入13世纪后便逐步被以款氏家族为中心的萨迦派所取代。蒙古贵族据有其地后，因萨迦派势力最大，便扶植其僧俗上层。及忽必烈继为蒙古大汗，又尊其法王八思巴为“国师”（后改为“帝师”），“授以玉印”，并将乌思藏十三万户、以及吐蕃“地面”僧俗人众给予作供养。
1264年（元至元元年），又在中央设立“总制院”，负责管理全国佛教僧徒及吐蕃地区的军政事务。
“总制院”后又改名“宣政院”。它既是处理全国佛教事务的权威组织，又是吐蕃最高行政管理机构，最高长官是“帝师”，其余官职，由帝师“辟举”。其“居第二者”亦“以僧为之”；实行“军民通摄，僧俗并用”的方针。院之下辖乌思藏纳里速古鲁孙等三路宣慰使司都元帅府、吐蕃等处宣慰使司都元帅府（又称朵思麻宣慰使司都元帅府）、吐蕃等路宣慰使司都元帅府（又称朵甘思宣慰使司都元帅府）。在地方行政机构中，从宣慰使，至万户、千户，也由帝师举荐，交元廷批准。各地官员，虽可世袭，但任免、升迁、更代都须由中央同意才能决定。它是根据吐蕃的特殊情况而制定的特殊政策。
在云南行省、湖广行省、四川行省及宣政院部分辖区内，则推行土司制度。土司制度，即利用土蕃民族上层人物充当地方官员的办法。是元朝政府为适应西南地区交通不便，民族成分复杂，政治、经济、文化发展差异较大的特殊情况而建立起来的一种间接统治方式。在建立“土司制度”地区，朝廷在任命“土官”后，只要“谨守疆土，修职贡，供征调”，对其内部事务，也不过多的干预。
土官的设置，视原有首领管辖地域广狭、人口多寡而定，有宣抚司、安抚司、招讨司、长官司、蛮夷司、路总管府、土知府以及寨、洞、甸等不同品级。各级土官俱隶属于各方宣慰司都元帅府。土官一般都是世袭，其承袭、升迁、惩罚均由元廷掌握。
（四）兼收并蓄的宗教信仰
蒙古贵族原来信仰萨满教，后又崇奉藏传佛教。为了适应统治不同民族的需要，对其余各种宗教，一律采取护持的政策。凡是佛教僧侣享有的一切待遇，道士、伊斯兰教传经师、基督教神甫亦均可享受。据说是在成吉思汗时代定下的规矩：对于各种教士都应该恭敬对待，“一面优礼相待穆斯林，一面极为敬重基督教徒和偶像教徒”。《元经世大典·序录》记载道教的发展时：“其教虽有正一、全真、大道之殊，而我朝尊宠之隆，则与释氏并……”据说忽必烈在世时，无论是佛教节日，还是基督教或伊斯兰教节日，他都要履行一定的仪式，以表示对该宗教的崇敬。同时还吩咐在场的其他贵族也履行“同样的礼仪”。有人问他这样做目的何在？他说：“人类各阶级敬仰和崇拜四个大先知。基督教徒，把耶稣作为他们的神；撤拉逊人（指信仰伊斯兰教者），把穆罕默德看成他们的神；犹太人，把摩西当成他们的神；而佛教徒，则把释迦牟尼当作他们的偶像中最为杰出的神来崇拜。我对四大先知都表示敬仰，恳求他们中间真正在天上的一个尊者给我帮助”。
14世纪20年代，受罗马教会派遣至泉州传教的天主教神甫安德鲁在致教会的一封信中说：“在此大帝国境内，天下各国人民、各种宗教，皆依信仰，自由居住。盖彼等以为凡为宗教，皆可救护人民”。安德鲁在信中还特别强调他们在中国传教的经济来源：“尝自皇帝取得阿拉发（阿拉伯语，意为俸给）一份，俾可供给吾等衣食之用。”“余继续在此居住，依皇帝所赐俸金为生”。
蒙古贵族之所以采取上述政策，目的是想借助这些宗教，共同维护其统治，以达到稳定社会秩序的目的。
（五）实施民族分化，分而治之
在元朝直接管辖地区内，蒙古族人口因占极少数，蒙古贵族为了维护自己的统治，削弱汉族以及其它各民族人民的反抗意识，把全国各族人民分别分成蒙古人、色目人、汉人、南人四个等级。“蒙古人”，指原居住于大漠南北的蒙古各部落，包括兀鲁、忙兀、克烈、札剌亦儿、塔塔儿、斡亦剌等部；“色目人”主要指回回、畏兀儿、康里、阿速、秃八、唐兀、哈刺鲁、吐蕃等各族；“汉人”，是指原在金朝统治下的汉、契丹、女真、渤海、高丽及较早被征服的四川、云南两省人；“南人”，指原居住于南宋境内的各民族人民。在四等人中，以蒙古人居最高统治地位，享有特殊权益；色目人次之；汉人又次之；南人地位最低。元政府规定，无论中央还是地方，重要官职，都必须由蒙古人担任，汉人与南人无权过问。叶子奇《草木子》记载：“元朝天下，长官皆其国人是用。至于风纪之司，又杜绝不用汉人、南人。宥密之机，又绝不预闻矣。”还指出，“天下治平之时，台省要官皆北人（蒙古人）为之，汉人、南人万中无一二。其得为者，不过州县卑秩”。例如1297年（元大德元年），中书省、御史台通过决议：“各道廉访司，必择蒙古人为使，或阙，则以色目世臣子孙为之，其次参以色目、汉人。”
1307年（元至大二年），又下诏规定，各地达鲁花赤之职，概由蒙古人担任，若缺出，则于有根脚色目人内选用。在军事方面，元朝政府规定，汉人不得参预军机重务，民间严禁私藏兵器。凡从军出征所持兵仗，“还即输之官库”；倘有私挟弓矢者，则“籍而为兵”；凡色目人有马者，三取其二，若汉人，“马悉入官，敢匿与互市者罪之。”至元末时，甚至禁汉人、南人“不得执军器弓矢”。
汉人、南人不仅在政治、经济等领域内受歧视，在各种刑事案件中，也往往要忍受最残暴的惩罚。如法律规定，蒙古人殴打汉人，“（汉人）不得还报”，“如有违犯之人，严行断罪。”若蒙古人因争斗殴死汉人，除征烧埋银外，无须抵命。若汉人殴伤蒙古人，则要处以极刑。蒙古、色目人犯盗，准予“免刺”。若汉人、南人，“盗牛马者劓；盗驴骡者黥额，再犯劓；盗羊豕者墨项，再犯黥，三犯劓；劓后再犯者死。”
蒙古统治者虽然把蒙古人和色目人划入第一、二等级，让他们享受特权，但在现实生活中享受特权的只是少数统治者，蒙古人和色目人中的大多数，实际上也和汉人、南人一样处于被剥削、被压迫的地位。
三、元朝的危机
元朝建立时，无论在内政与外交、政治与经济、宗教和民族中，都隐藏着许多难以克服的矛盾。忽必烈在世时，由于他的才能，加上社会刚从战乱走向稳定，社会经济有着一定的恢复和发展，致使许多社会矛盾为表面的繁荣所掩盖。但是随着他的逝世以及统治阶级财富的增加，这些矛盾便相继暴露出来，致使社会不久又由安定而逐步出现动荡和混乱。
造成元朝政局动荡的因素是多方面的，但最重要的因素还是内部矛盾、阶级矛盾和民族矛盾的激化。统治阶级内部的矛盾，主要集中反映在争夺帝位的继承上。
1294年忽必烈死，宗室诸王齐集上都，议立新君。当时有权利继位的是真金两子甘麻剌和铁穆耳兄弟。两人原都镇守漠北，拥有兵权。甘麻剌为长孙本有取得继承权的充分条件，但铁穆耳在出镇漠北时即已取得了继承人资格，并受到忽必烈重臣伯颜和玉昔帖木儿的支持，结果甘麻剌被迫做出让步，表示“愿北面事之”，承认铁穆耳为帝。铁穆耳就是元成宗，蒙古号“完泽笃汗”。他在位时，因基本仍恪守忽必烈时制定的政策，故局势还比较稳定。但当其1307年（大德十一年）死时，皇室内部又爆发了争夺继承权的斗争，皇后卜鲁罕与左丞相阿忽台谋立安西王忙哥剌之子阿难答，右丞相哈刺哈孙则想辅助忽必烈曾孙、驻守于漠北的怀宁王海山，彼此间展开了激烈的斗争。后因海山弟爱育黎拔力八达杀阿忽台、卜鲁罕和阿难答，事势才告终结。
海山即位后称“武宗”，蒙古号为“曲律汗”。海山登位时，约兄弟叔侄相承。1311年（至大四年）海山死，爱育黎拔力八达依定约继位，称仁宗，号“普颜笃汗”。爱育黎拔力八达在位时，因重用汉族文士，推行汉法，提倡尊孔崇儒，实施开科举、奖励农桑的政策，朝政有一定起色。但因在继承问题上没有遵守定约，立己子硕德八刺为皇太子，使海山子和世出镇云南，致使帝位继承问题又出现矛盾和冲突。后和世于赴云南途中发难，没有成功，逃于阿尔泰山。
1320年，爱育黎拔力八达死，硕德八刺继位，史称“英宗”，蒙古称之为“格坚汗”。硕德八剌上台后，由于不满铁木迭儿专横，以拜住为左丞相，实行整顿朝政、裁汰冗员、加强法制，任用汉族官僚和儒臣等措施。因直接触犯了蒙古和色目贵族的利益和特权，于1323年为御史大夫铁失、知枢密院事也先帖木儿等谋杀。晋王也孙帖木儿乘机夺取帝位，是为“泰定帝”，蒙古称“也孙帖木儿汗”。
也孙帖木儿统治时期，继续奉行爱育黎拔力八达、硕德八刺成法，政治上还基本稳定。但由于滥施赏赐，国库空虚，内部各派系争权夺利斗争又渐加剧。
1328年也孙帖木儿死，海山旧臣燕铁木儿拥海山次子图帖睦尔为帝，是为“文宗”，蒙古称“札牙笃汗”。图帖睦尔袭位不久，也孙帖木儿宠臣倒刺沙于上都又拥立阿刺吉八为帝，称天顺帝，结果形成两帝并立的局面。后因月鲁帖木儿等的围攻，始被迫出降。
图帖睦尔即位之初，曾表示要让位于异母兄和世，并遣使往迎。和世信以为真，于1329年（天历二年）于和林北即位，史称“明宗”，蒙古号“忽都笃汗”。图帖睦尔亲迎于上都附近之旺忽察都之地。但事隔数日，即称和世暴死，仍自称帝。不久，和世后八不沙又被害，子妥欢贴睦尔先后被流放于高丽、广西。显而易见，这是图帖睦尔和燕铁木儿精心策划的一个大阴谋。
1332年（至顺三年），图帖睦尔死，遗诏传位于和世子。权臣燕铁木儿为便于控制，舍长立幼，使年仅七岁的懿璘质班继承帝位。可是，懿璘质班在位月余即病死，图帖睦尔后不答失里于是立妥欢贴睦尔为帝，是为顺帝。蒙古号“兀哈笃汗”。
但妥欢贴睦尔即位后又将不答失里、图帖睦尔子燕帖古思放逐于东安州和高丽。斗争此伏彼起，愈演愈烈。
在统治阶级内部矛盾日趋尖锐的同时，阶级矛盾和民族矛盾也在不断加剧。阶级矛盾和民族矛盾的尖锐化，是统治阶级对各族劳动人民的残酷压迫和掠夺造成的结果。
蒙古贵族在取得政权后，为了显示自己的威权，经常将掠夺得来的财富大肆挥霍，滥施赏赐，穷奢极欲。据记载，皇帝为了使诸王群臣效忠，除定期给予诸王、后妃、公主、勋臣以岁赐外，还不时赐钞、赐帛、赐田、赐户口。每当新帝继位，诸王朝会，婚丧嫁娶，统兵出征，修建寺庙、宅第等，都分别要给予大量赏赐。例如1308年（至大元年），哈剌哈孙受命出镇漠北，元武宗便赐给他黄金300两，白银3500两，钞15万贯，帛4万端，乳马60匹；太后赐帛200端，钞5万贯。1315年（元延祐二年），元仁宗赐宣宁王铁木儿不花及二弟钞万锭，外又加玉具、鞍勒、币帛等物。不久，又赐魏王阿木哥钞万锭。由于统治阶级崇信佛教，其于藏僧的赏赐，则又往往倍之。如1312年（皇庆元年），元仁宗一次就赐藏僧金5000两，银25000两，币帛39900匹。数额之大，大都类是。
内庭之靡费也很惊人。每当新君继位，都要另置帐殿（斡耳朵），动辄靡金巨万。供帝室役使的宦官，也由最初数人增至千余人。后妃们的支出，更是日增月益。据《元史》记载，1329年（天历二年），仅皇后日用所需，“钞10万锭，币5万匹，绵5千斤”。此外，频繁的饮宴，所耗费资金，亦多不计其数。
为了表示对佛的虔诚，还经常作佛事，仅列圣神御殿及诸寺所作佛事，每年就多达200多次，长的每次费时一月，需钞币数以万计，供支之浩大，可想而知。1310年（至大三年）张养浩在述及当时情况中说，“国家经费，三分为率，僧居二焉”。其靡费之严重，由此可见一斑。
贵族们的腐化堕落，使元政府的财政日益枯竭，于是，各地贪官污吏，便乘机敲榨勒索，巧取豪夺，任意草菅人命，鱼肉百姓。叶子奇《草木子》在披露元末的社会状况时说：“其问人讨钱，各有名目。所属始参曰拜见钱，无事白要曰撒花钱，逢节曰追节钱，生辰曰生日钱，管事而索曰常例钱，送迎曰人情钱，句追曰赍发钱，论诉曰公事钱。觅得钱多曰得手，除得州美曰好地分，补得职近曰好窠窟。漫不知忠君爱民之为何事也。”
贪官污吏和豪强地主的残酷压榨，使各族劳动人民生活无着，纷纷走向破产，被迫逃亡。有的甚至卖儿鬻女，以求活命。例如1311年河西地区的色目站户，就因供役繁多，加以灾荒流行，被迫将亲属男女，典卖给权豪势要之家为奴。广大劳动人民的极度贫困和大量流民的产生，最后终于导致了各民族农民起义的大爆发。
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