噶玛噶举派是噶举派的一个重要支派，创始人为都松钦巴（1110—1193），最早采用活佛转世制度，黑帽系是此派最重要的活佛转世系统。都松钦巴被认为是黑帽系第一世活佛，由他修建的楚布寺（1187年建，在今西藏堆龙德庆县）为此派的主寺。
黑帽系第二世活佛即噶玛拔希。忽必烈曾因噶玛拔希另投蒙哥，又因噶玛拔希有帮助阿里不哥之嫌，将其投入监狱。获释（1264）后，返回楚布寺，于1283年（至元二十年）去世。
黑帽系第三世活佛攘迥多吉（1284—1339）曾奉元文宗图帖睦尔召进京，于1332年十月抵大都，适值元文宗已去世，他做了元宁宗懿璘质班供养的上师，元宁宗在位仅一个多月即夭亡（7岁），元顺帝妥欢帖睦尔即位后，赐给攘迥多吉“圆通佛法性空噶玛巴”封号，并封为国师，赐玉印、圆符。其弟子2人也受封为司徒。楚布寺内还建立了供奉元文宗画像的影堂。1334年攘迥多吉返回楚布寺，1336年再次受元顺帝之召来大都，为元顺帝作法事，祝延圣寿。攘迥多吉还有力地阻止了反对佛教的大臣们提出的，迫令乌思藏以外地区不守清规的僧人还俗，并负担差税、兵役的主张。但从此也不难看出，元末已有一部分大臣对皇帝佞佛持反对态度。不久，攘迥多吉因病在大都圆寂（1339）。
黑帽系第四世活佛乳必多吉（1340—1383）也受元顺帝之召来大都（1359），与元朝使臣同路进京的沿途情况的记载，是元代在藏族地区设置驿站的重要参考资料，乳必多吉经过宗喀（今青海省湟中县）时，曾为藏传佛教格鲁派（黄教）的创始人宗喀巴授居士戒，当时宗喀巴年仅3岁。乳必多吉抵大都（1360）后，为元顺帝父子讲经传法。元朝末代皇帝顺帝时宫闱内部以荒淫著称的“演揲儿法”（一作“延彻尔法”）及其它丑闻，都与乳必多吉的密法传授有关。
噶玛噶举是藏族地区实力很强大的一个教派。在元代，除萨迦派外，最受朝廷重视。
二、蔡巴噶举派
蔡巴噶举是蔡谿（今西藏拉萨市东南郊）贵族噶尔氏直接控制下的噶举派的一个支系。元朝划分乌思藏十三万户时，蔡巴是其中一个万户。噶尔·桑结额朱于1268年被封为万户长，后其子仁钦坚赞继任万户长。仁钦坚赞曾到大都向元世祖忽必烈朝贡。忽必烈将蔡巴万户的封地扩大，包括现今拉萨河流域和山南地区的琼结、曲松、隆子等地，都划归蔡巴万户管辖，还颁给仁钦坚赞金印和诰命，深受元廷的优待。仁钦坚赞的次子迦德衮布继任万户长，曾为蔡巴万户的事务7次朝元，从内地请了工匠到乌思藏修整寺院，并将刻版印刷的技术从内地传入藏族地区，藏族学者的著作由是而增多起来，为藏族文化史作出了贡献。
迦德衮布之孙蔡巴·贡噶多吉（1309—1364）是藏族历史上的著名人物，14岁继任蔡巴万户长，15岁到大都朝见元泰定帝也孙铁木儿，受封赐，获银印一颗。蔡巴·贡噶多吉任万户长期间，曾联合萨迦本钦申瓦桑布和雅桑万户共同反对帕竹噶举派的领袖人物蜂曲坚赞，当时帕竹噶举派的势力后来居上，蔡巴·贡噶多吉在与帕竹噶举派的斗争失败后，被迫将万户长职位让与其弟扎巴喜饶（1352），自己出家为僧，更名格微罗追。蔡巴·贡噶多吉是藏文历史名著《红史》（1363年成书）的作者。《红史》主要叙述自吐蕃王朝以迄元代的藏族历史，还对汉族、蒙古族、西夏的帝王系统，以及印度古代的王统世系有所介绍。此外，蔡巴·贡噶多吉还是藏文大藏经《甘珠尔》（经部）目录的编订者。《甘珠尔》卷帙浩繁，1683年北京版的《甘珠尔》共1055部；1730年德格版的《甘珠尔》为1114部。蔡巴·贡噶多吉能为《甘珠尔》编订目录，证明他是当时佛学知识十分渊博的一位学者。
蔡巴·贡噶多吉之子格雷桑布曾经接受过元朝司徒的封号，但蔡巴噶举在反对帕竹噶举的斗争中失败后，大部分领地被帕竹噶举攘夺，实力已一蹶不振。
三、帕竹噶举派
帕竹噶举派是噶举派中的一个重要支系。此派的主寺丹萨替（1158年建），在今西藏桑日县境内的帕木竹地方。
12世纪末叶，帕木竹地方贵族朗氏家族控制了丹萨替寺的领导权，从此朗氏家族世代相传把持了帕竹噶举派。元朝划分乌思藏十三万户时，帕竹是其中的一个万户，当时帕竹万户的万户长多吉贝曾3次朝元，元朝为他划定了以现今西藏乃东、泽当两地为中心的万户辖区。
1299年（元大德三年），扎巴仁钦（1250—1310）任帕竹万户长，同时兼任丹萨替寺寺主，成为集政教二权于一身的帕木竹地方的领主。由于扎巴仁钦是以喇嘛的身分兼任万户长的，故藏语称“喇本”，即喇嘛墀本（万户长），而此前的帕竹万户长都称“墀本”。
扎巴仁钦之后，帕竹万户长由其侄辈继任，其中最著名的是取代萨迦而建立帕竹地方政权的绛曲坚赞（1302—1364）。绛曲坚赞继任万户长时（1338），帕竹万户的实力已经构成对其它万户的威胁。不久，帕竹与邻近的雅桑万户起衅。最初雅桑得到蔡巴万户和萨迦本钦甲瓦桑布的支持击败帕竹，绛曲坚赞重整旗鼓后，以优势兵力攻打雅桑万户获胜。帕竹击败雅桑后，实力更趋强大，与萨迦地方政权已形成对峙局势。
先是萨迦本钦旺秋尊追接任以后，迅速地发动了对帕竹的进攻，几次交锋，萨迦的军队接连失利。绛曲坚赞的部将宣奴桑布作战骁勇，领兵一举攻占了萨迦直属的贡噶宗（西藏今县），给萨迦军以重创，随后绛曲坚赞又战胜了乌思地区最强大的地方势力蔡巴万户。此时，乌思地区除止贡万户外尽属帕竹的统治范围。萨迦内部虽然四个喇章已分裂（1349），但仍具有乌思藏地方政权的合法地位。
绛曲坚赞在取得军事上的胜利后，经与元朝派驻乌思藏的官员商议，派出以旺秋和喜饶多吉为首的人员赴大都向元顺帝朝贡。此时元朝对全国的统治已近没落，萨迦地方政权也随之衰微。绛曲坚赞既已在乌思藏节节胜利，元顺帝只得承认其已经取得的实力地位，赐予万户银印、金质腰带以及大量物品。绛曲坚赞取得元朝皇帝的支持，更加有恃无恐，在14世纪50年代初，击败止贡万户，接着又利用萨迦内部矛盾，支持本钦甲瓦桑布而向本钦旺秋尊追发动进攻。时本钦甲瓦桑布被监禁，绛曲坚赞以营救本钦甲瓦桑布为名，一举攻占了萨迦，萨迦地方政权从此崩溃。
1353年（至正十三年），绛曲坚赞派扎格瓦喜饶扎西携带四爪齐全的狮皮等贡品赴大都朝贡，元顺帝封绛曲坚赞为大司徒，赐以世代执掌乌思藏地方政权的封诰和印鉴，乌思藏地区的帕竹地方封建政权由此建立。
四、其它教派
达拢噶举是噶举派的一个支系，主寺达坑寺（1180年建，在今西藏林周县境）的第三任堪布（住持）桑结雅均喜饶喇嘛（1203—1272）在藏传佛教界有较高的‘威望，阔端的将领多达那波在羊阔端的信中曾提到他“最有德行”（见本章第一节）。1265年八思巴自大都回乌思藏，路经达拢寺时曾和他行碰头礼（一说是合十的指尖相接的敬礼），这是地位平等的僧人所行的见面礼，可见桑结雅均喜饶喇嘛的地位是很高的。桑结雅均去世（1272）后，其侄芒噶拉古如在八思巴的支持下接任达垅寺堪布，元世祖忽必烈曾“赐以大金元室六颗”。表明达垅噶举派与元朝的关系比较密切。达垅也是乌思藏十三万户之一。
噶举派中的主巴支系，即主巴噶举派，与元朝有关系的重要人物是邬坚巴·仁钦贝（1230—1309）。此人曾去邬坚（古邬仗那国，在今巴基斯坦斯瓦特河谷）学习佛教，返回乌思藏后，又奉元世祖忽必烈之召到达大都，为忽必烈传法。忽必烈赠以大量金银财物，要他留在京师，但是他一毫未取便返回乌思藏，因此他也没有得到元朝的封号。
宁玛派也有几位僧人与元朝有些关系，有的受封为拔希（法师），有的受到王室的优待和赏赐，影响不大。
与元廷有关系的藏传佛教教派还有夏鲁派，又称布顿派。夏鲁是乌思藏十三万户之一，八思巴之弟恰那多吉于1265年返回乌思藏后，曾娶夏鲁万户家一女，因此元廷赐给夏鲁万户大量财物，至今夏鲁寺尚保存元代的琉璃瓦建筑。后来，夏鲁方户迎请著名佛教学者布顿·仁钦朱（1290—1364）为夏鲁寺寺主，夏鲁派一称布顿派，即本于此。布顿·仁钦朱以编订藏文大藏经《丹珠尔》（论部）的目录而著称。《丹珠尔》共3522部（1724年北京版），布顿·仁钦朱对如此浩繁的典籍都有所了解，佛学知识渊博，与蔡巴·贡噶多吉齐名。元顺帝妥欢帖睦尔曾召布顿·仁钦朱到大都宫廷传法，布顿·仁钦朱固辞，未奉诏。
觉囊派是现已不存在的藏传佛教中的一个小教派。元代，觉囊派高僧笃补巴（1290—1361）的弟子之一绛巴·代完巴（出身于西夏王族后裔的拉堆绛万户家族，故称绛巴；代完，为大元的藏语译音，在元代受封为大元国师的藏僧简称代完巴），曾在拉堆绛万户的所在地建觉囊派著名寺院昂仁寺，今西藏昂仁县即以此得名。此外，绛巴·代完巴之孙南喀旦巴也曾到过大都，受封为国公、大元国师，赐玉印。绛巴家族与萨迦派关系密切，其先祖于成吉思汗灭西夏时自西夏来投萨迦，被安置在拉堆绛，遂称之为绛巴家族，后成为乌思藏十三万户之一。
第四节藏族封建社会的发展
13世纪中叶，元朝统一了全国藏族地区，促进了藏族封建农奴制社会的发展，明朝取代了元朝，带给藏族社会较长时期相对稳定的局面，藏族封建农奴制度下的经济和文化，都获得了很大的发展；藏族和全国各民族的关系，也得到全面的增进。
一、明朝对全国藏族地区的治理
1368年（明洪武元年），明太祖朱元璋在南京即帝位。翌年即派遣官员到藏族地区，告知明朝已取代元朝统一全国。随后又派遣陕西行省员外郎许允德前往河州（今甘肃省临夏市）一带，招谕各部僧俗领袖归顺明朝。
元朝曾在河州设立吐蕃等处宣慰使司都元帅府。
1370年（洪武三年），明将邓愈攻克河州，原来元朝设在这里的宣慰使何锁南普，以及原来元朝管理藏族地区的镇西武靖王卜纳刺都来降附。明朝接管了元朝所设的地方行政机构，改设河州卫，以何锁南普任指挥同知，并准予世袭。
元朝最后一任摄帝师，即代理帝师喃加巴藏卜，于1372年（洪武五年）也归顺了明朝。次年，明朝封之为炽盛佛宝国师，赐玉印。喃加巴藏卜还向明朝先后举荐元朝委派在藏族地区的旧官员100余名，分别授予各级官职。
明朝原在河州设西安行都指挥使司，统辖全国藏族地区，即河州、朵甘、乌思藏三卫之地。后又将朵甘、乌思藏二卫升为行都指挥使司，分别管理藏族地区。
朵甘行都指挥使司管辖元代的吐蕃等处宣慰使司和吐蕃等路宣慰使司的辖区。后来明朝又增设朵甘思宣慰司及招讨司6，万户府4，千户所17；乌思藏行都指挥使司管辖元代的乌思藏纳里速古鲁孙等三路宣慰使司的辖区。不久，明朝又增设俄力思军民元帅府，各级官员仍以当地僧俗地方势力为主，明朝为他们规定了一定的封建义务。
明代的乌思藏，已是藏传佛教帕竹噶举派执掌地方政权。萨迦派的权势早在1354年（元至正十四年）即被以绛曲坚赞为首的帕竹噶举派所取代，帕竹地方政权继续得到明朝的承认。
但是，明朝在乌思藏采用“多封众建”的政策，对藏传佛教各教派的领袖人物都分别给以封号，并不专一推崇执掌地方政权的帕竹噶举派。明朝的封号最高等级是法王，所封的“三大法王”即大宝法王、大乘法王和大慈法王。
大宝法王在三大法王中地位最高，为明成祖封释给噶玛噶举派黑帽系第五世活佛的封号。黑帽系第五世活佛，《明史》作哈立麻，即噶玛的别译，本名得银协巴（1384—1415）。1406年（明永乐四年），他受明成祖召来南京。次年春，受封为大宝法王，门徒三人，均被封为大国师的封号。
大宝法王原是元朝封给萨迦派八思巴的封号，为藏传佛教领袖人物的最高封号，明朝将此封号封给噶玛噶举派黑帽系活佛，表明此时噶玛噶举派的实力，已经超过了萨迦派。明成祖即位不久，便将藏传佛教领袖人物的最高封号，封给噶玛噶举派，绝非偶然。
大乘法王属萨迦派。1413年（永乐十一年），萨迦派僧人昆泽思巴（1349—1425，今译贡噶扎西）受明成祖之召至南京，被封为大乘法王，待遇和地位略低于大宝法王。当时萨迦派虽在政治上已失势，但仍不失为有号召力的藏传佛教的教派。明朝在正式册封噶玛噶举派领袖人物后，又册封了萨迦派的领袖，正体现了“多封众建”的原则。
三大法王的最后一个是格鲁派（黄教）的大慈法王。
15世纪初叶，宗喀巴创建格鲁派。明成祖觉察到这一教派在藏传佛教各教派中大有后来居上之势，先后两次（1408、1414）派人到乌思藏召请宗喀巴来南京，宗喀巴因格鲁派创建伊始，未亲自应召，派门徒释迦也失于1414年至南京。次年，明成祖封释迦也失为大国师。
1434年（宣德九年），释迦也失第二次到明朝的首都北京时，明宣宗朱瞻基封之为大慈法王。
明朝在藏族地区除册封三大法王外，还封了五个地位低于法王而高于大国师的王。五王各有封地，分别统辖一定地区。
赞善王名著思巴儿监藏，《明史》称之为灵藏僧，“其地在四川徼外，视乌斯藏为近”。灵藏一译林丛，在今四川省甘孜藏族自治州北部德格（一说道孚）。1407年（永乐五年）受封为赞善王。其所属教派，史籍无明文记载，有人认为属噶玛噶举派。
护教王名宗巴斡即南哥巴藏卜，《明史》称之为馆觉僧，馆觉即今西藏昌都地区贡觉县。1406年（永乐四年）受封为护教王，属噶玛噶举派。
辅教王名南渴烈思巴，《明史》称之为思达藏僧，思达藏一译达仓，在今西藏萨迦县以南。1413年（永乐十一年）受封为辅教王，属萨迦派。
阐教王名领真巴儿吉监藏，《明史》称之为必力工瓦僧，必力工瓦今译止贡，即止贡噶举派止贡寺的寺主，受封阐教王年代同辅教王（1413）。
阐化王名吉刺思巴监藏巴藏卜（1374—1432，今译扎巴坚赞），《明史》称之为乌斯藏僧，是乌思藏地区帕竹地方政权建立者蜂曲坚赞的侄孙，于公元1385年（洪武十八年）掌握地方政权。明朝先封之为灌顶国师（1388年），后又封之为阐化主（1406年）。
由于帕竹噶举派领袖人物受封为阐化王，故其下属贵族，也有很多人受到明朝的封赐。如牛儿宗寨（今堆龙德庆县柳梧）的哺葛监藏、领司奔寨（今仁布县）的哺葛加儿卜、公哥儿寨（今贡嘎县）的忍昝巴、札葛尔卜寨（今桑日县扎嘎）的领占巴等人，均被封为各寨的都指挥佥事，既是帕竹地方政权的贵族寨官（藏语作宗本），又在明朝的封赐下成为朝廷的命官。
在王以下，明朝在藏族地区还封有大国师、国师、禅师等名号，地位层次递减。此外，还有乌思藏等地的一些上层僧侣，到北京来请求朝廷给以官职，明朝也予分别安置，使之成为朝廷的直属官员。
二、高度发展的藏族封建经济与文化