<b>：</b> 13世纪初叶，蒙古族崛起，使全国重新走上了统一的道路。自10世纪以来，全国经历了300多年战乱、分裂的政治局面。吐蕃各族部在全国总的形势下，也处于封建割据、分散发展的历史时期。
1206年（成吉思汗元年），蒙古族军事力量开始了以武力统一全国的过程，相继征服了割据一方的封建王朝和地方势力，将各民族地区统一于中央政权的管辖之下。全国的统一是当时历史的发展趋势，也是各民族人民的共同愿望，是具有进步意义的历史事件。从此，藏族（当时的汉文史籍仍称“吐蕃”或“西蕃”）地区与内地的政治关系、藏族人民与汉族以及各民族人民之间的经济、文化交流，都得到了进一步的发展。
藏族社会自13世纪初叶确立了封建农奴制度后，封建经济和文化都有了长足的发展，在16世纪中叶以前，到处都呈现出一派欣欣向荣、蒸蒸日上的气象。明朝继元朝对全国藏族地区进行治理，设治派官，多封众建，取得了统治的实效，经济上的朝贡、互市关系，达到了高度发展的阶段。
第一节蒙藏统治阶级的早期关系
一、阔端与萨班的会见
1229年，成吉思汗第三子窝阔台即汗位，将今甘、青二省部分藏族地区及原西夏辖区，作为封地封给其第三子阔端。当时阔端在凉州（今甘肃省武威市）营建宫室，拥有很大权势。1239年（窝阔台十一年），阔端派其将领多达那波率军进入吐蕃，驻军于热振寺（今西藏自治区林周县境）一带。在多达那波了解到吐蕃各地方势力与藏传佛教各教派紧密结合的特点之后，写信向阔端报告：“现今藏土，惟迦（噶）当巴丛林最多，达垅巴法王最有德行，止贡巴京俄大师具大法力，萨嘉（迦）班哲达，学富五明，请我主设法迎致之。”阔端采纳了多达那波的建议，于1244年（乃马真后三年）写信邀请萨班到凉州相见。
萨班·贡噶坚赞（1182—1251）是藏传佛教萨迦派第四代传人，世称“萨迦四祖”，以学识渊博而被人尊称为“萨班”，意为萨迦派的学者。他接到阔端的邀请信时，已是63岁高龄，况且旅途艰险漫长，但是阔端来信颇具强制性，时间也不得拖延。最后萨班作出决定，携带二侄八思巴和恰那多吉，由藏地区的萨迦动身，经乌思地区的袷（拉）萨，于1246年到达凉州。当时阔端正在蒙古参加贵由继任蒙古大汗的王公大会，第二年阔端自蒙古返回凉州，与萨班进行了有历史意义的会见。
阔端与萨班具体协商了吐蕃归顺蒙古的条件，吐蕃各地僧俗官民人等承认为蒙古的臣民，由阔端委派萨迦等官员治理。在取得一致意见后，由萨班写信致乌思、藏、阿里各地的僧俗领主，要他们权衡轻重，勿作其它侥幸之想，走归顺蒙古之路。各地僧俗官员只要遵行命令，均可照常供职，而由蒙古派去的官员加以委任。凡愿归顺者，须缮写地方官员姓名、百姓数字及贡物数量等3种表册，一式3份，分送阔端、萨迦及地方官员保存。凡未归顺者，便是将来讨伐的对象。
这封信被称作“萨迦班智达致蕃人书”，是一项重要的历史文献，它表明通过阔端和萨班的协商，确定了吐蕃是蒙古汗国的属地，其僧俗官员与百姓，都须履行蒙古属民的义务，萨迦派在藏传佛教各教派中占居领导地位等前提。事实表明，自公元13世纪40年代起，乌思藏及阿里各地，已处于蒙古汗国的统治之下。
萨班在13世纪中叶为实现全国统一的大业作出了巨大的贡献。他是乌思藏地方势力最早与蒙古王室建立政治联系的代表人物。经过萨班的努力，蒙古对乌思藏没有进行军事征伐，而使藏族人民的正常生产和生活条件得到了保证，藏族的封建经济也得以持续发展。萨班顺应了全国历史发展的总潮流，坚持全国统一的作为，是值得充分肯定的。
二、蒙哥汗的治藏政策
1251年，蒙哥即蒙古大汗位，以其弟忽必烈总领漠南军务。黄河流域、西夏故地及吐蕃等地，转属忽必烈管辖。同年，忽必烈军次六盘山（今宁夏境），遣专人去凉州迎请萨班，萨班以年老多病辞，而由阔端之子蒙哥都陪同萨班之侄八思巴前往与忽必烈相见。
八思巴（1235—1280），原名罗追坚赞，系萨班之弟桑察的长子，自幼颖悟出众，有“圣者”的美称，八思巴即藏语圣者的音译。在他随同萨班前往凉州的途中，萨班为他授戒出家于苏浦寺（在今拉萨市境），而与他同行的弟弟恰那多吉（1239—1267）则是俗人。自1246年起，八思巴兄弟即生活于蒙古宫廷中。阔端令八思巴继续学习佛教，而令恰那多吉学习蒙古语，以便将来由他沟通蒙藏上层之间的关系。
忽必烈与八思巴在六盘山的初次相见，建立了二人在政治、宗教上的密切关系。不久，因萨班病重，八思巴返回凉州。萨班去世后，八思巴成为萨迦派的新教主。同年（1251），阔端也在凉州去世。
1252年（蒙哥二年）二月，八思巴在继承其伯父萨班衣钵之后，致函乌思藏地区的高僧大德：“蒙哥汗即位之诏书，已经向各方宣布，境内各处平安。尤其是向各地方宣布了‘对僧人免除兵差、劳役、贡赋，使臣们不得在僧舍住宿，不得向僧人们摊派乌拉，使僧人们依照教法为朕告天祝祷，所有僧人之事俱由萨迦派掌领’之良善诏书。皇帝并宣谕于我：‘已派金字使臣去吐蕃各处清查户口，划定地界，汝可遣僧人同往。’为此，我已派遣格西多吉周与格西松布等率领随从前往，详细情形可询问彼等”。根据这一信函，表明蒙哥汗沿袭了阔端的政策，继续利用萨迦派统领藏传佛教的僧众；清查户籍与划定地界，也要八思巴派遣僧人会同办理。
同年，忽必烈自六盘山麾师南下，进入现今四川省西北部地区。约于1253年，由于忽必烈注意到藏传佛教噶玛噶举派在藏族地区的实力，召见此派领袖人物噶玛拔希（1204—1283），令他随侍左右，噶玛拔希未允，而于1256年奉蒙哥之召前往蒙古与蒙哥相见，蒙哥封噶玛拔希为国师，赐金印，还赐给他金边黑色僧帽。因此，由噶玛拔希开创的藏传佛教活佛转世制度，其世系被称作噶玛噶举黑帽系。
噶玛拔希不听从忽必烈的命令，另投蒙哥，使忽必烈十分不满。然而，1253年忽必烈召八思巴重来相会时，八思巴立即奉召前来，忠心不二，因而深受忽必烈的宠信。
1259年，蒙哥卒于进攻南宋的四川军旅中，忽必烈在上都（今内蒙古自治区多伦县）即大汗位。不久，蒙哥的另一弟阿里不哥也在蒙古的和林（今乌兰巴托西南境）即大汗位，与忽必烈争夺汗权。由于蒙哥生前支持噶玛噶举派，有迹象表明阿里不哥也支持噶玛噶举派，以故阿里不哥败事（1261）后，噶玛拔希有助阿里不哥之嫌而被忽必烈逮捕，直到1264年始被释，获准自由传教。
第二节蒙元统治全国藏族地区的政策
一、设总制（宣政）院
1260年（元中统元年）忽必烈即大汗位的当年，即尊八思巴为国师，授玉印。1264（元至元元年），忽必烈迁都大都（今北京市）。同年，设总制院，负责管理全国佛教及藏族地区的军事、行政事务。
1288年（至元二十五年），总制院改称宣政院。因唐朝接待吐蕃使者向例在宣政殿，元朝也循历史故事称处理吐蕃事务的机关为宣政院。宣政院与总制院名异实同，是同一机关在不同时期的两个名称。忽必烈在设总制院时，即授命八思巴以国师（1270年升帝师）的身分兼管总制院务。于是八思巴成为中央政权下的一名高级官员。八思巴以后的各任帝师亦均“领宣政院事”。
帝师对宣政院的管理主要是举荐僧人担任从宣政院使“居第二者”以下的各官。如《元史·释老传》所云：“世祖……乃郡县土番之地，设官分职，而领之于帝师。乃立宣政院，其为使位居第二者，必以僧为之，出帝师所辟举，而总其政于内外者，帅臣以下，亦必僧俗并用，而军民通摄。于是帝师之命，与诏敕并行于西土”。
在宣政院之下，设有行宣政院，“遇吐蕃有事则为分院往镇，亦别有印”，但是重大的军事征伐，则需要与枢密院共同商议决定。另外还有杭州、福建等地行宣政院的建制，管理江南地区的佛教事务。
元朝在全国藏族地区先后设置了3个宣慰使司都元帅府，隶宣政院之下。一为吐蕃等处宣慰使同都元帅府，管辖现今甘肃、青海及四川省西北部的藏族地区；一为吐蕃等路宣慰使司都元帅府，管辖现在四川、云南的藏族地区；一为乌思藏纳里速古鲁孙等三路宣慰使司都元帅府，管辖乌思、藏、阿里地区，即今西藏昌都地区除外的大部分地区。阿里地区归顺蒙古较早于乌思藏，此时元朝将乌思藏和阿里合在一起，组成一个宣慰使司都元帅府（当时的阿里三围还包括今已划到国外的部分地区，与现今阿里地区的概念略有出入）。
宣慰使司都元帅府以下的官员，比较重要的有宣慰使都元帅、元帅、转运、万户以及一部分地位重要的千户。这些官员要由帝师或宣政院提名，再由大汗任命。万户和千户均由当地的僧俗领袖人物担任，准予世袭，逐渐形成此后的土司制度。
二、清查户籍与设置“甲姆”
1260年忽必烈即大汗位后，立即派遣官员到藏族地区清查户籍并设置“甲姆”（“站赤”，即驿站）。
此次派遣的官员名答失蛮，他奉忽必烈之命，率领随从人员，携带往返旅途所需物品及大汗诏书，经朵思麻（安多）、朵甘思（多康）地区，最后抵达藏地区的萨迦。答失蛮每到一地均召集当地居民，宣布大汗诏书，分发赏赐。从汉藏交界处直达萨迦，共建立27个甲姆，计朵思麻地区7甲姆，朵甘思地区9甲姆，乌思藏地区11甲姆。各甲姆之间又设若干小甲姆。
在乌思藏地区的11甲姆中，乌思地区有索（今西藏索县）、夏克（今西藏比如县境）、孜巴、夏颇、贡、官萨、甲哇（俱在今西藏境，地望不确），共7个；藏地区有达（今西藏南木林县境）、春堆（今西藏日喀则市境）、达尔垅（今西藏日喀则市境）、仲达（今西藏萨迦县境），共4个。
答失蛮完成设置甲姆的任务后，还考察了吐蕃地方的风俗民情，返回复命，深得忽必烈的嘉许和很多赏赐，并被任命为总制院的主管官员。
由于藏族地区的甲姆概属新设，又任命额济拉克为同知，给以管辖吐蕃甲姆的诏书，遣往乌思藏。额济拉克是忽必烈派驻萨迦的最早的金字使臣，他尊信佛教，在乌恩藏颇有政绩。
甲姆的设置主要根据各地的人口和物产的情况，并据以确定各地为甲姆提供的物资、牲畜和人役。因此，设置甲姆时必须进行户口清查。
1260年是首次清查藏族地区的人口，划定了27个甲姆。此后元朝又不止一次地对藏族地区进行人口清查，根据当地人口和物产的变化而重新划分甲姆。
甲姆是一级稳定而有系统的行政组织，设甲姆本（即站官），有权责令当地人民供应人畜差役及其它需索。遇有战事，甲姆又是军事系统的重要组成部分，负责军情递送及后勤供应。
甲姆的设置，实为延续到近代的藏族地区乌拉制度的开端。然而，甲姆与地方政权组织，与万户府有所区别，因为甲姆不是一个行政地区，而是设有专职官员，管理具体有关事务的机构。
三、划分十三万户
1265年（至元二年），八思巴及其弟恰那多吉受忽必烈之命返回乌思藏，是为了安排各级行政机构的建立，包括划分13个万户府。事后八思巴再返回大都，恰那多吉则是忽必烈任命的乌思藏地方的首席行政官员，留驻乌思藏。加《萨迦世系史》所记：“蒙古薛禅皇帝（忽必烈）封他（恰那多吉）为白兰王，赐金印及左右同知两部衙署……任命他为藏地三区法官。在吐蕃地区，‘帝师’和‘王’的职位最早就是在他们兄弟二人时出现的。”但是，八思巴兄弟返回乌思藏不久，恰那多吉突然去世（1267），年仅29岁。
恰那多吉的暴卒，改变了忽必烈原来的计划。
1267年（至元四年），经八思巴举荐，释迦桑布被任命为乌思藏地方政权的首席官员，即萨迦本钦（本钦，藏语大官之意）。萨迦本钦既是以萨迦派为首的乌思藏地方政权的领袖，同时又往往是元朝的派出机关乌思藏纳里速古鲁孙等三路宣慰使司都元帅府的首席官员。此后历任的萨迦本钦都须经帝师举荐提名，而由大汗直接任命。
元朝在乌思藏地区划分十三万户，是由萨迦本钦释迦桑布和元朝派去的两名官员阿衮和米林共同进行的，是为元朝对乌思藏进行的第二次清查，年代是1268年（至元五年）。十三万户的划分主要依据藏传佛教各教派及其它地方势力的占地范围和属民分布。万户作为行政单位是万户府，主持人称万户长，即各地方实力集团的领袖。
关于十三万户的名称，史料记载不一。或名同地异，或名地俱异，尚有待进一步考证。现根据较为普遍的说法，将乌思藏十三万户的名称和万户府的所在地列举如下：
万户名称万户府所在地（今名）《元史》名称
藏地区6个万户
拉堆绛昂仁县拉维乡无
拉堆洛定日县协嘎尔区无
萨迦萨迦县乌思藏
香南木林县无
曲弥日喀则市曲美区出密