1406年，还于广宁开设马市，以利其与中原人民进行贸易。可是，随着蒙古统治集团的振兴，三卫与之联系又日渐密切。还不时与之合兵，扰害明边。1422年（永乐二十年），阿鲁台出兵进攻明兴和，就与三卫的积极支持有关。后朱棣统兵北征，阿鲁台败走，朱棣便在回师时突然出兵屈裂河（指洮儿河南支流归勒里河），使三卫受到重大打击。
1424年，科尔沁部为瓦刺脱欢击败，徙居嫩江，投奔福余卫。从此福余卫首领便由斡赤斤系转入哈萨尔系手中。
三卫与明廷关系在屈裂河战役后，曾一度有所缓解。但当其势力有所复苏时，又不断纵骑南下，进犯大宁、会州（今河北省平泉县）、宽河（今河北省遵化县）等地。1428年（明宣德三年），明宣宗朱瞻基统兵亲征，双方战于宽河，三卫复败，积怨进一步加深。
1434年（宣德九年），阿鲁台为瓦刺脱欢所杀，东部蒙古封建主浸微，而瓦刺日盛，三卫于是又与脱欢暗中联络，利用其贡使经常出入中原地区的机会，为瓦刺刺探明朝虚实。1439年脱欢死，子也先嗣位。三卫阴结也先，企图利用瓦刺力量挟制明朝。明廷得悉，于1444年（明正统九年）遣朱勇、吴克忠分道北征。三卫受重创。时值也先势炽，也先为将三卫置于自己直接控制之下，于1446—1447年率兵分道进袭，三卫畏惧，被迫归服，福余卫部众被迫徒居脑温江（嫩江），大都融合于科尔沁部中。
1450—1451年，脱脱不花与也先内讧，彼此兵戎相见。脱脱不花战败，避入兀良哈，为沙不丹杀死。也先并其众，授朵颜卫首领哈儿兀歹（又作哈孙）孙孛罗为达鲁花赤，代理政事。
1454年（明景泰五年），也先为加强对三卫控制，胁三卫西迁，使朵颜众移居黄河母纳地（今内蒙古乌拉特前旗境内乌拉山一带）。又令“尽发丁壮，随营攻战”。三卫封建主请求明廷准于边境100公里外居住，明廷许之。
三卫初置时，泰宁最强，福余次之，朵颜最微。但自受也先残虐后，泰宁卫和福余卫逐步衰落，而朵颜卫因受害较小，势力渐次侪居三卫之首。
瓦刺在也先死后，部落分散，势力渐弱；东部蒙古封建主孛来、毛里孩乘机称雄。三卫封建主为维护自身权益，经常依违于东、西蒙古统治集团之间，或与之连和，共同进犯明塞；或参与内争，互相攻掠；而当实力受到削弱时，则极力与明通好，并为之通风报信。
15世纪后期，东部蒙古复兴。三卫虽然一向与之联系密切、但由于其内部纷争影响，三卫仍不时罹遭劫难。例如1425年（明成化十一年），满都鲁在癿加思兰拥立下称汗后，三卫就因受劫杀，过着颠沛流离生活。达延汗巴图蒙克登汗位不久，其权臣亦思马因又多次出兵攻略三卫。三卫后虽与达延汗联兵，将亦思马因击败，但仍无法摆脱受压制地位。
1486年（成化二十二年），三卫再次受到那孩等的掳掠，部众走匿于长城沿线一带，企图谋求明廷的庇护，但明王朝不但没有满足其愿望，反而乘其危难，恣意欺凌。嗣后，又借口出边“烧荒”，“掩杀无辜”。延焚其“奥鲁、穹庐，剽夺牲畜”。更有甚者，明辽东总兵李杲、张玉等，为了冒功取赏，于1499年（弘治十二年）竟虚设酒席，杀其前往互市群众。三卫积恨难平，反过来又投靠达延汗，并与之联姻，而与明廷为仇。其中尤以朵颜卫花当（和通）一支最强悍，经常予明军以重要打击。
1549年（明嘉靖二十八年），达赉逊汗率察哈尔万户东迁，三卫进一步与之靠拢，俱听其约束。不久，以虎刺哈赤为首的罕哈部（内喀尔喀）和以巴雅思哈勒为首的右翼喀喇沁等封建主也依次进入三卫区域，于是三卫部众便逐步分散于前述各部落中。所谓“三部诸帅，分部散居，莫能自振”，便是指此而言。
四、东部蒙古的复兴和解体
自额勒伯克汗被杀后，以维护大汗地位为宗旨的东部蒙古政局，非但没有好转，反而由于各部封建主的争权变得更加动荡不安。汗权又进一步削弱。
1400年（明建文二年），坤帖木儿继位为汗，但不久又被杀，汗位被鬼力赤篡夺。鬼力赤“非元裔”，不为诸部所服，而其重臣也孙台、阿鲁台、马儿哈咱又“各怀异见”。故不久又爆发了“宫廷政变”，阿鲁台袭杀鬼力赤，别立元裔本雅失里。但本雅失里在位时间短暂，旋又为瓦刺马哈木所杀。马哈木立答里巴为汗，至是大汗权力便为瓦刺操纵。阿鲁台虽力挽狂澜，并于1425年（洪熙元年）拥立阿台（一译阿岱）为汗，可是，到1438年又为脱欢和脱脱不花袭杀。所属各部落均被并，东、西蒙古为其统一。脱脱不花名义上是汗，实际权力却掌握在脱欢及其子也先手里。
1454年（景泰五年），也先被阿拉克丞相等所杀。接着，阿拉克又为喀喇沁部长孛来所杀。孛来拥立脱脱不花子马可古儿吉思（麻儿可儿）为汗，称乌珂克图汗。自是，蒙古汗权又为东部蒙古统治集团掌握。孛来操纵汗权后，怙势专权，利用手中权力，杀马可古儿吉思。孛来的粗暴行动，引起了翁牛特部领主毛里孩的强烈不满。毛里孩集兵据河套，又杀孛来，别立马可古儿吉思异母兄摩伦台吉为汗。但毛里孩又妄想夺取大汗权力，故1466年（成化二年）杀摩伦汗，汗位空悬9年。
1475年（成化十一年），原自巴里坤迁驻河套地区的瓦刺野乜克力部封建主癿加思兰（伯格哷逊）兴起，拥立脱脱不花异母弟满都鲁（满都固勒）为汗。满都鲁为替摩伦汗复仇，在科尔沁部乌讷博罗特王协助下，又攻杀毛里孩。蒙古地区出现更大动乱。癿加思兰与毛里孩子斡赤来（一译阿赤来、斡赤来）互相结纳，肆行无忌，同满都鲁、族弟亦思马因、孛来旧臣阿罗出、瓦刺也先次子阿失帖木儿等都存在着尖锐矛盾，经常互相仇杀。1479年（成化十五年），亦思马因在满都鲁大头目脱罗干的协助下，袭杀癿加思兰，自称太师。但亦思马因的专横恣肆也不亚于忯加思兰。他上台后，又与洪和责（鸿郭赉）密谋，挑拨满都鲁与孛罗忽不睦，孛罗忽被迫出逃，途中被杀，其妻锡吉尔福晋被亦思马因纳为妾。
1479年（成化十五年），满都鲁在混乱中病逝，因无子嗣，汗位由孛罗忽遗孤巴图蒙克继承。
巴图蒙克生于1474年（成化十年）。因自幼失去父母，由满都鲁妻满都海哈屯抚育。满都海哈屯是一位有谋略、有胆识的伟大女性。他为了恢复与光大“黄金家族”，不仅对巴图蒙克悉心教养，还亲自统兵出征瓦刺，招抚流亡百姓，制订法令，以张大汗权。又毅然冲破传统思想樊篱，与巴图蒙克结为夫妻，并于1480年（成化十六年）亲自扶其登上汗位，号达延汗，意为大元大可汗。
达延汗是蒙古族的中兴英主。自幼生活在战乱环境中，由于目睹了汗权微弱、各大封建主们争权夺利、互相残杀的悲惨局面，故当登汗位后，便决心与专横跋扈的权臣进行斗争。他首先把打击的矛头对准亦思马因。亦思马因败窜，谋联合瓦刺进行反攻。达延汗令郭尔罗斯部脱火赤少师等将其击杀。接着，又借右翼永谢布封建主亦不刺（伊巴哩）和鄂尔多斯封建主满都赉阿固勒呼（阿尔秃斯）等杀害其次子乌鲁斯博罗特济农的机会，于1510年（明正德五年）率左翼3万户前往征讨。双方战于达兰特里衮（今呼和浩特北大青山）。他令喀尔喀12鄂拓克对付土默特，兀良哈和和科尔沁部对付鄂尔多斯，以察哈尔8鄂拓克对付永谢布，采用诱敌深入策略，将右翼军击败，重新将其收服，令第三子巴尔斯博罗特前往统领。亦不刺被迫逃往青海。
与此同时，达延汗还先后三次出兵击败兀良哈，将其置于自己统治之下；又发兵征服瓦刺；废除太师、丞相职位及“赛特”领地，将漠南和漠北分成若干份地，分封诸子，作为大汗藩屏。此外，还利用济农和万户制度，将从前各小领地合并为6个万户，仍分左、右两翼。左翼3万户为：察哈尔万户（今锡林郭勒盟地区）、兀良哈万户（原卓索图盟地区）、喀尔喀万户（喀尔喀河流域一带）；右翼3万户为：鄂尔多斯万户（今伊克昭盟一带）、土默特万户（今大青山下土默特地区）、永谢布万户（今张家口以北一带）。自居察哈尔境内，统率左翼3万户。巴尔斯博罗特济农驻鄂尔多斯境内，统辖右翼3万户。从此，自成吉思汗以来汗系同宗台吉领主与异宗“赛特”领主并立的局面宣告结束。
达延汗对蒙古各部的统一，虽然对整个蒙古社会的安定、人口的发展、社会经济的繁荣起了一定的作用，但由于其所设6万户，是以血缘关系为纽带的部落联盟，而不是中央集权制机构，加上畜牧经济固有的脆弱性，故当他于1517年病死后，东部蒙古地区权力一度为巴尔斯博罗特掌握。及至1520年（明正德十五年）左右，始按蒙古传统，由图鲁博罗迪之子博迪台吉（明人称卜赤、或保只）袭位，称博迪阿拉克汗。大汗权力已明显下降。反映这一重要特征的一是兀良哈万户的反叛。当时博迪汗为镇压叛乱，曾联合右翼济农衮必里克墨尔根（明人称吉囊）、济农弟俺答（又称阿勒坦）多次出兵征讨，并最后将其分割，并入其余万户中。一是右翼势力已有较大发展，不仅不听大汗调遣，还夺取了左翼察哈尔的部分地区，甚至阴谋与明朝结盟，以施“夹攻”。大汗对右翼的控制日渐削弱，说明它已逐步沦为察哈尔汗的地位。
1547年（嘉靖二十六年），博迪阿拉克汗病死，其子达赉逊台吉（明人称打来孙）立，号达赉逊库登汗。时值土默特万户俺答强盛，俺答充分利用土默特地区有利的自然条件，发展政治、经济实力；又从几次出征兀良哈万户中增长了军事才干；从大汗那里获得“索多汗”称号；在衮必里克济农逝世（1542）后，获得统率诸弟权利。达赉逊汗“惧为所并”，于1549年（嘉靖二十八年）率众自宣府、大同边外，徙往辽东地区，析居于西拉木伦河与老哈河一带。与达赉逊汗一起东迁的还有由阿尔楚博罗特统辖的内喀尔喀五部：扎鲁特、巴林、翁吉刺特、巴岳特、乌齐叶特等部。他们威逼女真各部，与明在辽东展开激烈争夺。兀良哈三卫，初虽与之为敌，但不久也相继散分于其各部中。
达赉逊汗东迁后，原察哈尔旧地为俺答所据。俺答辖境，东抵辽蓟，西迄甘肃、青海一带，且经常深入宣府、大同等地，予明政府以重大威胁。又进一步向西发展，出兵征服瓦刺。此外，还移兵西南，打开通往西藏的道路。
俺答在实施对外扩张的同时，为维护自己的统治，还努力谋求与明廷建立通贡联系。
1541年（嘉靖二十年），俺答派遣石天爵到大同请求通贡，遭明政府拒绝。次年，石天爵复至大同，被明军杀害。此后俺答又多次遣使，俱未能如愿，最后终于酿成1550年（嘉靖二十九年）的“庚戌之变”。俺答率兵自潮河川，经鸽子洞、黄榆沟等地入围北京。明廷震惊，始答允通市。因战争影响，通市时断时续。
1570年（隆庆四年），俺答孙把汉那吉投奔明朝，受明政府礼遇，俺答受感动，于1571年与明廷和议，双方建立和平通贡关系。明朝政府封俺答为“顺义王”，又分别授右翼各封建主为都督、指挥、千户、百户等职，按年发给额定赏金。时达赉逊汗已死，其子图们札萨克图汗（明人称土蛮）在位。图们汗在俺答影响下，也努力谋求取得与俺答同等待遇；要求封王、通贡和互市，遭明政府拒绝。双方兵戎不断，而左、右两翼的对立也越来越严重。
图们札萨克图汗痛感于汗权日弱，力图以和平方法统一漠南蒙古各部，1576—1582年左右，相继任命察哈尔部阿穆岱洪台吉（脑毛大）、内喀尔喀卫征索博该（速把亥）、鄂尔多斯部的库图克图彻辰洪台吉（切尽黄台吉）、阿苏特部的诺木达喇古拉齐诺延（哑速火落赤）、土默特部的楚噜克（扯力克）5人为执政理事，帮助协调蒙古各部的关系，谋“致其大国于太平”。没有成功。
1578年（明万历六年），俺答皈依藏传佛教格鲁派，在蒙古各部中产生强烈影响。图们汗为夺取宗教领导权和控制权，于1587年（万历十五年）也遣阿穆岱洪台吉前去叩见三世达赖，恳请达赖前往布教。会达赖逝世，结果未达目的。
在大汗权力日益走向衰弱之时，原居住于和林一带的外喀尔喀七旗却乘机向西扩张，与瓦刺各部争夺地盘。
1587年左翼阿巴岱汗与和硕特部虞战于科布多地区，败其众，杀其首领哈尼诺颜洪果尔。战争连绵不断，直到17世纪初年，双方始达成和议。
1592年（万历二十年），图们札萨克图汗死。次年，其子布延彻辰汗继位。在布延彻辰汗统治时期，蒙古地区除右翼各部在俺答妻钟金哈屯（三娘子）主持下略有起色外，其余各部又进一步分崩离析，大汗形同虚设。
1603年，彻辰汗死，孙林丹（一译陵丹、灵丹，明人称虎墩兔）继位，称林丹·库图克图汗。
林丹汗在位时，值后金努尔哈齐崛起。林丹汗企图统一蒙古各部，联合明朝，共同抗击后金。但由手他“昏于酒色”，任意杀掠，凭陵诸部，受到各部封建主的强烈反抗。
1628年（明崇祯元年，清天聪二年），因在土默特部赵城为喀喇沁、鄂尔多斯等联兵击败，继之又被漠南蒙古各部与后金联军败于绰洛郭勒，1631—1632年被皇太极创于西拉木伦河北岸，被迫狼狈西逃，1634年死于大草滩（今甘肃省民乐县东南）。于是，延续429年的蒙古汗国从此便从历史上消失了。原有的蒙古各部部众大都依附于后金。
第二节蒙古族的社会经济
一、10—12世纪时的蒙古社会形态
10—12世纪时，居住在蒙古地区的蒙古各部落，由于所处自然环境不同，与周邻先进民族关系各异，其经济发展水平也不一致。大致可分为“森林狩猎民”和“草原游牧民”两种类型。
“森林狩猎民”，蒙古语称之为“槐因亦儿坚”，意谓“林木中的百姓”。主要有森林兀良合、巴尔忽、豁里、秃马惕、不卢合臣（捕貂鼠者）、客列木臣（捕青鼠者）、斡亦刺惕、乌斯、帖良古惕、客失的迷以及部分蔑儿乞人等。大都居住于东起贝加尔湖，西至额尔齐斯河流域的广阔森林中。主要依靠狩猎、兼营渔捞、采集和驯养野生动物过活。“没有帐篷”，也“没有牛羊”。虽有少量马匹，但系供狩猎之用。衣兽皮，吃野山羊肉，居住在以桦树皮和其它木料构成的棚屋中。以桦树汁解渴，冬天以“察纳”（滑雪板）代步。成吉思汗统一漠北地区后，他们始相继向游牧生活过渡。
“草原游牧民”，在蒙古族人中一般称之为“有毛毡帐裙的百姓”。包括弘吉刺、塔塔儿、札刺亦儿、蒙古、克烈、蔑儿乞和乃蛮等部。大都居住于大兴安岭直至阿尔泰山的草原区一带，过着住穹庐、食乳酪、衣羊皮的生活。主要经营畜牧业，饲养马、牛、羊和骆驼等牲畜。马供放牧和打仗时乘骑，羊供食用，牛供挤奶和拉车，骆驼供驮载。牲畜之中，尤以羊马为最多。赵珙《蒙鞑备录》：“鞑国地丰水草，宜羊马。”据说拥戴札木合为首领的札只刺部，就以善养羊著名。居住于阿尔泰山和杭爱山间的乃蛮部和居住于鄂尔浑河流域的克烈部则以多马享誉。成吉思汗时期乃蛮部甚至以“国大马繁，恣为夸语”。牛的数量也很多。大多数为黄牛，或又称为山牛。骆驼较少。因为斡难河、怯绿连河和土拉河上游一带多山林、沼泽，住在上述地区的人大都不便使用它们。骆驼有双峰、单峰和无峰3种。
在各草原游牧部落中，当时的畜牧业生产已相当发达。不仅知道根据畜群种类实行分群放牧，并进行细致分工，分：牧马人（兀刺赤）、牧羊人（火你赤）、放牛人（兀格儿赤）、放骆驼人（帖麦赤），还能根据不同种类畜群，选择自然牧场。《元朝秘史》记载，有一年夏天在徙牧时，札木合对成吉思汗说：“咱每（们）如今挨着山下，放马的得帐房住；挨着涧下，放羊的、放羔儿的喉咙里得吃的。”同一种牲畜的不同品种，也开始实行分开管理。徐霆《黑鞑事略》：“其牡马留十，分壮好者作移刺马种，外余者多扇（骗）了”。“移刺者，公马也，不曾扇，专管；骒马群不入扇马队，扇马、骒马各自为群队也”。
马群是古代蒙古人的主要财富。没有马，草原经济就无法经营。因此，其有关马匹的调养、保护经验尤为丰富。“却养三年，而后再乘骑。故教其初，是以不蹄啮也”。“下马不用控系，亦不走逸，惟甚良善。”凡出战好马，自春初罢兵后，即“恣其水草，不令骑动”。及秋风将至，始取而控之，系于帐房左右，啖以少量水草。俟其落膘壮实，始令驱驰。
牧民从事畜牧，一般都逐水草迁徙。“大率遇夏则就高寒之地，至冬则趋阳暖木薪易得之处以避之”。有的部落，除分冬、夏牧场外，还有春、秋牧场之分，按一年四季，分别到春、夏、秋、冬牧场放牧牲畜。畜牧方式：一是以“古列延”形式集体游牧；一是以个别家族为单位而形成的阿寅勒单独放牧。所谓“古列延”，蒙古语意谓“圈子”、“环营”，它是牧民于驻牧时，由众多毡帐结成的环形牧营；“阿寅勒”是指由数个帐幕组成的游牧集团或牧户。
对广大游牧民来说，狩猎也是其从事生产的重要方式。《元朝秘史》中乞颜氏贵族阿勒坦、忽察儿等人在拥戴铁木真为首领时说：“你若做皇帝呵，多敌行俺做前哨，但掳的美女妇人、并好马，都将来与你；野兽行打围呵，俺首先出去围将野兽来与你”。铁木真在听了阿勒坦等人的誓言后，也保证：我一旦当了君主，并统率各地区的军队时，“我将为你们点火烧草原上的野兽，将山地的野兽赶到你们方面来”。又如铁木真为了笼络照烈部，与泰亦赤兀惕氏族争夺部众，在与之联合打围时，“使左右驱兽向照烈，照烈得多获以归”，自是便由感激而投附。
狩猎一般有个人猎、群猎和集体围猎三种形式。个人猎和群猎通常都是生产活动的一部分，而集体围猎则往往是战争的同伴物。徐霆《黑鞑事略》：“猎而得者曰兔、曰鹿、曰野猪、曰黄鼠、曰顽（羱）羊、曰黄羊、曰野马、曰河源之鱼”。鲁不鲁乞说：那里也有很多土拨鼠，在冬季，这些土拨鼠20个、或30个一群，聚集在一个地洞里，冬眠达6个月之久，“他们大量地捕捉这种土拨鼠”。进行集体围猎，通常都要先派人出去侦察野兽出没情况，研究如何猎取它，然后摆开阵势，蹙围攫击。尤喜爱“臂鹰猎”，因为鹰猎比其它方法的行猎，具有更大的乐趣。
凡出猎，大都以猎获物为食，而不再宰杀牲畜。
弘吉刺、蔑儿乞、汪古、蒙古等部，除畜牧和狩猎外，有的地区已开始出现农业，并有定居萌芽。
手工业和交换也有一定发展。手工业主要是制毡、制革、制弓矢、制甲胄、造车、制马具和刀剑等物。从《元朝秘史》中关于“木匠”和“铁匠”等的记载看，手工业估计已逐步走上独立发展的道路。