在击败札木合等以后，铁木真为了巩固刚取得的东部辖地，1202年又出兵征讨答阑捏木儿格思（今蒙古国东方省贝尔湖南讷墨尔根河地）的察罕塔塔儿、按赤塔塔儿等部，灭之。同年秋，以乃蛮部不亦鲁黑汗联合蔑儿乞部脱脱、斡亦刺惕部忽都合别乞等部余众前来进攻，铁木真与王罕率军迎战。双方战于阔亦田（约在今哈拉哈河上源）。不亦鲁黑汗等联军溃散。铁木真乘胜追击，收降者别和锁儿罕失刺等人，王罕收降札木合及其部众。经过这次战斗，铁木真的地位从此进一步巩固。
铁木真与王罕虽然是“义父子”，但随着胜利的增长，势力的扩大，相互间的矛盾也不断加深。王罕的儿子和兄弟经常“设置圈套，诋毁他的声名”，致使王罕对他生了疑心，阴谋“把他除掉”。而铁木真对王罕独自攻掠蔑儿乞部，独吞战利品，擅收留札木合，在与乃蛮部作战中背盟，以及拒绝让术赤与桑昆女联姻等行动也强烈不满，终于促使矛盾逐步趋于激化。
1203年（金泰和三年），王罕父子为谋害铁木真，派人向铁木真佯许婚约，企图乘其前来饮宴时将其击杀。阴谋为铁木真识破。王罕遣兵往袭。铁木真集兵与战于合兰真沙陀（《秘史》作“合刺阿勒只惕—额列惕”，约在今乌珠穆沁旗北境）。以寡不敌众，败走于哈泐合河（今哈拉哈河）上游，收集余众，率军顺河而下，屯于董哥泽（约在今贝尔湖东）。
此次战役，成吉思汗虽然失败了，但他并未气馁。为重整旗鼓，他一面遣使历数王罕背信弃义的事实，一面休养士马，准备再战。据说当其屯驻于班朱尼河（约在克鲁伦河下游附近）时，处境极为困难，曾靠猎野马为食，饮其浑水以解渴，并与追随他的伴当一起宣誓：倘能“克定大业，当与诸人同甘苦，苟渝此言，有如河水”。此事后被载入史册。
在合兰真沙陀战后不久，王罕与追随他的蒙古贵族发生分裂。札木合、忽察儿、阿勒坛、答里台约共击王罕，图谋各自为王。王罕知觉，举兵进讨。答里台畏惧，投附铁木真。札木合等往附于乃蛮部太阳汗。铁木真见王罕势孤，遂出兵往击。时王罕正宴饮娱乐，毫无戒备。双方经过3昼夜激战，王罕不支，被迫逃入乃蛮边界，为乃蛮边将执杀。其子桑昆，逃往西夏，被逐；复遁曲先（今新疆库车），也被杀。铁木真尽有其众，势力进一步扩大。
克烈部的衰亡，使一向自恃强大的乃蛮太阳汗甚为惊慌，他想以攻为守，先发兵进攻铁木真，并约汪古部夹击。但汪古部首领阿刺忽思非但没有出兵，反而将来使押送给铁木真，告知其将发动进攻消息。铁木真得报，于1204年春于帖麦该川集诸部召开会议，商讨对策，将军队按千户组编；设立扯儿必官（统领），由亲信那可儿6人担任；成立护卫军，设80宿卫，70散班（秃鲁华），使之成为具有严密组织、斗志旺盛的武装力量。接着，又溯怯绿连河西行，布阵于萨里川，令每人燃5堆簧火为疑兵。太阳汗懦弱无能，统治乖方。初以蒙古部人少马瘦，可以轻易取胜。及听说其兵马众盛，又畏惧退缩，勉强进军，双方交战于纳忽山（今鄂尔浑河东土拉河西）。乃蛮部大败，太阳汗受伤被擒。由于伤势过重，太阳汗不久死，其子屈出律率残众投奔不亦鲁黑汗。铁木真督兵追至阿尔泰山，收其降众。除蔑儿乞外，追随乃蛮部的朵儿边、塔塔儿、合答斤和撒勒只兀惕等残部都相继归降。
为了廓清残敌，铁木真于当年冬又乘势出兵征蔑儿乞，尽服麦古丹、脱脱里、察浑三姓人众。兀洼思蔑儿乞首领带儿兀孙既降复叛，铁木真遣孛罗忽勒和沉白带兵前往将其全部俘获。
在克烈、乃蛮、蔑儿乞各部相继灭亡后，札只刺部贵族札木合因丧失了部众，被迫逃奔倘鲁山（今唐努山），其那可儿将其执送铁木真，被赐死。
札木合之死，标志着蒙古各部已正式趋于统一。这是铁木真在蒙古族历史上树起的一座丰碑。因为它不仅结束了蒙古高原长期以来分裂割据的局面，并使这种局面从此成为历史的陈迹；与此同时，还促进了各部落间的相互交往、融合、渗透与吸收，从而为蒙古各部建立共同经济联系、形成共同心理素质、构建民族共同体提供了条件。
第二节蒙古园的建立与扩张
一、成吉思汗立国及其建制
铁木真自走上政治舞台时起，直至1202年战胜乃蛮部不亦鲁黑汗与蔑儿乞、塔塔儿等的联盟止，实际上还是克烈部王罕的附庸。及至1203年王罕败亡后，始真正取得独立地位。乃蛮部的灭亡，使漠北地区的割据势力全部为之廓清，从而实现了真正的统一。于是，建立统一的国家政权的任务便被提上议事日程。
1206年（金泰和六年）春，铁木真召集各部贵族、那颜于斡难河源举行忽里勒台（大会），共商建国方略。就在这次会上，铁木真被推举为全蒙古的大汗。晃豁坛部蒙力克别乞的儿子阔阔出（珊蛮）给他献上“成吉思汗”的尊号，意为“强盛伟大的君主”。新建立的国家，称“也客·忙豁勒·兀鲁思”，意即“大蒙古国”。旗帜为“九脚白旄纛”。
大蒙古国的建立，既是蒙古族历史上的一件大事，也是中华民族历史上的重要事件。因为它不仅标志着蒙古各部从此将以崭新的姿态出现于中国历史舞台，而且使中国历史、中亚史乃至世界史从此翻开了新的一页。
据文献记载，成吉思汗在蒙古国建立后，为了强化统治，曾建立起一套相当严密的政治体制，并依靠这一体制，将国家政权完全置于自己及其家族的直接控制之下。
（一）全面实施千户制
将全蒙古划分为95个千户，分别授予开国有功的功臣，令世袭管领。干户下设百户，百户下设十户。千户的规模大小不一。有的名为千户，实际户数多达数千。如术赤台千户，即由4000兀鲁兀部众组成，也有不足1000户的。百户也有类似情况。
千户的组成，大致有三种：一是由不同氏族部落部族混合组成的，这是多数，多为成吉思汗在战争中夺获的俘虏；一是由原有部落人员构成的，如弘吉刺部的按陈驸马，亦乞刺思部的孛秃驸马，汪古部的阿刺忽思，都令各“统其国族”；一是由重新收集散在各部落的同族部众所构成，如伯岳吾部汪古儿、捏古思部纳邻脱斡邻勒、忙兀部的畏答儿、兀鲁兀部的术赤台等大都率部投诚后忠心不二者。
千户制是打破旧有的部落组织而建立起来的。它既是军事组织，又是地方行政单位。通过千户制，全蒙古百姓都被纳入千户之内，并被固定在指定牧区内，不得任意移动，户口登记入册；凡年满15岁至70岁男子都要服兵役，并随时根据国家命令，自备马匹、兵仗、粮草，由千户、百户长带领出征；所有男性公民，“上马则备战斗，下马则屯聚牧养”。既是牧民，又是战士。
千户之上，统以万户。但万户是军事统帅，而不是行政长官。万户置左、右翼万户，中军万户，以及镇守林木中百姓万户等。左翼万户由木华黎统领，管辖东抵兴安岭地区各千户；右翼万户由博尔术统领，管领西至阿尔泰山方面各千户；中军万户由纳牙阿统领；镇守林木中百姓万户由豁儿赤统领；术赤所属万户由忽难统领。
不论万户、千户、还是百户，都是成吉思汗“黄金家族”的臣民。成吉思汗将各千户包括管辖千户的各级那颜（官人），都作为家产分赐给自己的母亲、诸子、诸弟。据《元朝秘史》记载，成吉思汗母亲诃额伦和季弟铁木哥斡赤斤共得“忽必”（份子）1万户，二弟合撒尔4000户，三弟合赤温子阿勒赤歹2000户，异母弟别勒古台1500户，长子术赤9000户，次子察合台8000户，三子窝阔台5000户，幼子拖雷5000户。各级那颜为受命管理百姓的地方军政长官，他们必须绝对服从大汗和大汗的宗亲。如发现有渎职或背逆行为，大汗及其宗亲有权随时加以撤换或惩处。
那颜阶级既是成吉思汗及其家族统治人民的重要支柱，同时也是高踞于广大牧民之上的领主。根据规定，万户和千户那颜在其管辖范围内，不仅享有世袭封地权利，还拥有分配牧场，征收赋税，差派谣役，统领军队的权力。建有特殊功勋、被授予“答刺罕”称号的那颜，享有免除赋税、独有战利品、不受法律约束和制裁、九次犯罪不受罚、有自由放牧等权利。
千户制的建立，是成吉思汗在军政制度方面的重大改革。它不仅彻底清除了氏族贵族赖以复辟的土壤，改变了以往氏族、部落联盟自由结合的分散状态，促进了经济的相互渗透和吸收，还把各级那颜和广大百姓固定于特定的地域内，从而形成层层的隶属关系，巩固了大汗及其“黄金家族”对国家的统治。
（二）扩建护卫军
护卫军，蒙古语称“怯薛”。
1204年，成吉思汗为迎击乃蛮部太阳汗时组建。蒙古国建立后，成吉思汗为巩固自己的统治地位，又下令进行扩编，将原有宿卫80人，护卫、散班70人，扩充至1万人，其中1000名充宿卫，1000名充箭筒士，8000名充散班。散班由万户、千户、百户和十户那颜以及白身人儿子中有技能、身体强健者充任。千户那颜儿子许带弟1人、伴当10人；百户那颜的儿子许带弟1人、伴当5人；10户那颜及白身人的儿子许带弟1人，伴当3人。其所需马匹、物品等项，除以本人所有财产充用外，许按规定于本管民户内征敛供给。它实际上是为控制分布于各地的各级那颜而采取的一项措施。
护卫军的主要职守是保卫大汗金帐和分管汗庭的各项事务，其职责分别为：
火儿赤——佩弓矢者（环卫）；云都赤——侍上带刀及弓矢者（环卫）；昔宝赤——掌鹰隼者；札里赤——书写圣旨者；必阇赤——书记，主文史者；博尔赤——厨子，“亲烹任以奉上饮食者”；八刺哈赤——守城门者；答刺赤——掌酒者；兀刺赤——典车马者；速古儿赤——“掌内府尚供衣服者”；帖麦赤——牧骆驼者；火你赤——牧羊者；忽刺罕赤——捕盗者；虎儿赤——奏乐者。
护卫军分4队，轮番供值，每3昼夜轮值一次，称“四怯薛”。“四怯薛”分别由成吉思汗的功臣博尔忽、博尔术、木华黎、赤老温任长官。博尔忽领第一怯薛（博尔忽早死，后由成吉思汗名义代领），博尔术领第二怯薛，木华黎领第三怯薛，赤老温领第四怯薛。每一宿卫、散班、箭筒士都设专人统辖，由最亲信那可儿担任。
凡护卫军成员，都享有优越特权。地位一般在外地千户那颜之上。如果护卫军与千户那颜发生争执，则先治千户那颜罪。有时还参预断案和听审或充当传达大汗旨意的使者。调充外官，大都担负重要职务，免服各种差发杂役。
因护卫军是大汗亲自掌握的武装力量，所以成吉思汗格外重视，曾告诫自己的子孙要特别尊重护卫军，不要让他们心怀怨望，使其乐于为自己及“黄金家族”效力。
护卫军的建立，对于蒙古国的巩固和发展，以及成吉思汗的对外扩张都起了重要作用。
（三）设置大断事官
断事官，蒙古语称札鲁忽赤。1202年，成吉思汗灭塔塔儿部后，命其异母弟别里古台整治外事，审断斗殴、盗贼等案件，为其设置之始。蒙古国建立后，成吉思汗又命其养弟失吉忽秃忽为“普上断事官（大断事官）”，掌管民户分配、审断刑狱、词讼和征收财赋，同时将领民的分配情况和已科断之事记于青册上。大断事官，职位相当于汉制丞相，是蒙古国的最高行政长官，下设若干断事官为其僚属。诸王、贵戚、勋臣有份地者俱设断事官管辖治内百姓，形成一套简便行政体制。
1265年（至元二年），大宗正府建立后，“大断事官”改主宗正府，专治蒙古公事兼理刑名。
（四）制定“札撒”
“札撒”，意为“法度”、“号令”，实指大汗发布的禁令。据《元朝秘史》等记载，成吉思汗在征战过程中，为了加强战斗力，曾在各种不同场合相继颁布过若干“札撒”，如1202年在与塔塔儿部交战之前，就“号令诸军，若战胜时，不许贪财；既定之后，均分；若军马退动至原排阵处，再要翻回力战；若至原排阵处，不翻回者斩”。1203年，在战胜克烈部王罕后于帖麦该川大猎时，又举行大聚会，“订立完善和严峻的法令”。
1204年征服乃蛮时，令整治军马，宣布违反札撤的人，要处以死刑。1206年各部实现统一后，又将原有习惯法及成吉思汗本人关于治理国家、训练军队、整顿社会秩序的各种“训言”和“号令”，作为处理国家事务的依据，并载入青册。
1219年（金兴定三年），成吉思汗在亲征花剌子模前，又召集一次大会，对“（自己的）领导规则、律令和古代习惯重新作了规定”，并将这些规定记于卷秩上，名之为“札撒大典”
（俗称“大札撒”），保存于为首宗王的库藏中。后“每当为首宗王登基，大军调动、或诸王会集（共商）国事和朝政”，“就把这些卷秩拿出来，仿照上面的话行事”。
《大札撒》虽已失传，但从有关记述中，仍可看到其中某些条款的内容。例如，那颜们除君主外不得投托他人，违者处死；擅离职守者亦处死；构乱皇室，挑拨是非，助此反彼者死；发现及收留逃奴而不交还其主者死；盗人马畜，除归还原马外，应赔偿同样的马九匹；如不能赔偿，即以其子女作抵押；若无子女，则将本人处死；“其犯寇者杀之，没其妻子畜产以入受寇之家”等等，就是例证。有些习惯、禁忌，也被收入“大札撤”中。
“大札撤”对新建立的蒙古国家政权的巩固，起着重要的作用。
（五）创制文字