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是内务部秘书洪述祖，组织行凶者是上海大流氓应桂馨，直接杀人者是失业军人武士英。
证件的主要部分有下面几个文件：
（1）民国二年（1913年）1月14日赵秉钧致应桂馨密函一件，上面写着：“密电码送请检收。以后有电，直寄国务院可也。”外附密电码一本，上注“国务院应密，民国二年一月十四日”。
（2）2月2日应桂馨致赵秉钧“应密冬电”一件，内称：“民党（国民党）主宋（教仁）任总理……已由日本购孙、黄、宋劣史，印十万册，拟从横滨发行。”
（3）2月1日、2日洪述祖致应桂馨密函两件，上面写着：“大题目总以做一篇激烈文章乃有价值。”“紧要文章已略露一句，说必有激烈举动。”“弟（洪称应）应于题前径电老赵，索一数目。”
（4）2月4日洪述祖致应桂馨密函一件，上面写着：“冬电（2月2日应的电报）到赵处，即交兄（洪自称）手，面呈总统。阅后颇色喜，说弟颇有本事，既有把握，即望进行。”
（5）2月22日洪述祖致应桂馨密函一件，上面写着：“来函应的函件。已面呈总统、总理阅过。以后勿通电国务院，因智智庵，赵秉钧号。已将应密本交来，纯归兄一人经理。”
（6）3月13日洪述祖致应桂馨密电，内称：“毁宋酬勋位，相度机宜，妥筹办理。”
（7）3月14日应桂馨致洪述祖密电，内称：“梁山匪魁四出扰乱，危险实甚，已发紧急命令设法剿捕之。”
（8）3月21日应桂馨致洪述祖密电，内称：“匪魁已灭，我军无一伤亡。”
证据确凿不移地说明：袁世凯决定要暗杀他的政敌宋教仁，叫特务头子赵秉钧去执行。赵手下有个秘书叫洪述祖，跟上海流氓帮会有往来，赵叫他物色一个流氓去办这件事情。洪找到了大流氓应桂馨，许以厚利，叫他执行暗杀任务。通过洪的介绍，赵发下密电码一本，与应直接通电联系。随后赵察觉到直接通电容易暴露，便又叫洪到上海向应说明，以后由洪居间联系。洪回到北京后，一面写信催应从速动手，这就是密函中所讲的要“做一篇激烈文章”，一面向袁汇报情况，袁许以事成之后以勋位为酬。
宋教仁遇刺前，宋案幕后指使赵秉钧给刺客的手令密件 洪述祖并非无名之辈。清朝末年，他做过直隶候补道，跟唐绍仪拉上了交情。袁任内阁总理大臣时，通过唐的介绍，他上了一道秘密条陈，主张袁在清政府与革命军之间玩弄两面手法，以便从中取利。袁虽没有直接表示，可是心中暗暗赞许。后来唐组织内阁时，派他为内务部秘书，此后他便成为内务总长赵秉钧身边的一个谋士，有时也能直接跟袁交谈。
应桂馨又名夔丞，是上海流氓帮会的大头目之一。辛亥革命初期，中部同盟会联络会党军警起义，他投机混进了革命阵营，陈其美任为沪军都督府谍报处处长。沪军都督府撤销后，转入江苏都督府任江苏巡查长。他自称“中国共进会会长”，吹嘘全国共进会会员在1亿人以上，占总人口的四分之一。
武士英是山西人，年22岁，就是在应桂馨家中被捕的那个矮子。他在云南当过营长，因军队被裁流浪到上海来，加入了共进会，成了应桂馨的门下食客。
此案发生后，只有一两天工夫，就把全部内幕揭穿，人证俱获，铁案如山，全国人民无不为之骇然。原来当今大总统是这样一个货色，他手中持有两件法宝：一件是黄金，一件是白刃。他对付一切政治敌人总不离乎这两手：要么用金钱收买过来，要么用武器暗杀掉。他曾经用金钱和高官厚禄收买宋教仁而无效，就决定用另一手来对付他。
这篇文章做得如此不干不净，闹得通国皆知，袁做贼心虚，不得不假惺惺地下了一道缉凶命令，讲什么“穷究主名，务得确情，按法严办”；还装腔作势地说了些“暗杀之风，万不可长，尤乖人道”的鬼话。他知道单靠一纸命令不能杜人之口，于是又派工商总长刘揆一以吊丧为名到上海，竭力解释宋案与他无关，千万不要误会。刘与黄兴、宋教仁都是华兴会的老同志。他到上海后，黄兴和国民党人骂他做官心热，变节求荣，他只得灰溜溜地回北京去了。由于全国人民口诛笔伐，袁、赵二人心慌意乱，便又做了一篇空中楼阁的文章，企图转移视线。3月26日，国务院通电全国称：“据应夔丞23日函称，上海发现一种监督政府、政党之裁判机关，其宣告文内列有宋教仁、梁启超、袁世凯、赵秉钧、汪荣宝等罪状，于3月9日开审，先判处宋教仁以死刑，于20日执行。”这篇文章请出梁启超、汪荣宝这些不相干的人做陪客，又把杀人主谋犯混在一起，其目的是要使人们相信上海果真有这样一个杀人机关，这个机关不仅与国民党为敌，也与其他各政党为敌，不仅与政党为敌，也与政府为敌。
这篇文章也仍然无济于事，反而招来更大的反感。在这种千夫所指的情况下，即使平日杀人不眨眼的大特务赵秉钧，也不免心惊肉跳，坐立不安。他一面向新闻记者发表谈话，说他跟宋教仁如何要好，外间谣言之来，真不知从何说起；一面向袁辞职。毕竟袁比他更加狡狯，认为此时辞职反而证明心中有鬼，因此劝他说：“不妨告个假儿，我叫芝泉代替你的职务。”于是赵改辞职为请假，袁派陆军总长段祺瑞代理内阁总理。（《袁世凯演义》）
第四节以段祺瑞为总理
四月二十六日，袁又擅与英、法、德、俄、日五国银行团定善后大借款英金二千五百万镑条约，以客卿监督盐政，未经国会通过。国民益怨政府之倒行逆施，弁髦《约法》，反对之声，如潮而起。五月一日，赵秉钧辞职，袁乃以段祺瑞为国务总理。袁既专制自为，且得巨款供其设置，阴谋益得循已定之步骤而渐进。侦知南方各省将起而相抗，于是先发制人，北洋劲旅，陆续南下，先后免江西李烈钧、广东胡汉民、安徽柏文蔚三都督职。五月廿四日《时报》载北京专电“表总统令传语国民党人”云：
现在看透孙、黄，除捣乱外无本领。左又是捣乱，右又是捣乱。我受四万万人民付托之重，不能以四万万人之财产生命，听人捣乱！自信政治军事经验，外交信用，不下于人。若彼等能力能代我，我亦未尝不愿，然今日诚未敢多让。彼等若敢另行组织政府，我即敢举兵征伐之！国民党诚非尽是莠人，然其莠者，吾力未尝不能平之。语时有梁士诒、段芝贵、曾彝进三人在座，梁嘱曾以个人资格往告国民党人。袁谓：即说是袁慰亭说的，我当负责任云云。（下略）
五月二十九日，《时报》载袁与《大陆报》访员之谈论一则，颇可与袁日后行事相对照，兹录下：
日前《大陆报》访员弥勒君访袁总统于三海，问答之间，颇关紧要，而于政治一方面，尤为注意。弥君先询治国政策，袁总统谓第一步须组织正式政府，使国家日见强盛，而以和平政策对付列强。又询问主张何种政体？袁总统谓自以共和政体为主张！盖共和既已告成，而又欲适用他种政体，其愚孰甚！弥君又问，近有人评论总统并不实心赞成共和，拟复君主旧制，有是事乎？袁总统谓予知此种谣传，自不能免；然既为公仆，岂能逃诽谤乎！此种问题，当留之以待后人之解决。余既为民国办事，必当尽余之能力，以求民国之成功！倘有破坏之危险，决非自余而生，必由于一般暴徒，以破坏国家为主义者也。弥君又问，有人谓总统欲仿效拿破仑信乎？袁笑谓余欲为华盛顿，非拿破仑也！华盛顿为历史中最有名人物，建造自由国，余何故欲为拿破仑而不为华盛顿乎！弥君又询问，现在中国最要之事为何？袁谓对内对外均以和平，此为最要之事。弥君又问，第一须改革者为何事？袁总统谓改良币制，订定赋税规则，开拓国内富源，俾人民得以日见昌盛。人民昌盛是为立国之本。弥君又询问，此次反对中央，欲为第二次革命之情形。袁谓此种人已有革命习惯，无建设思想，无实地经验，不识中国大势之真象。然人民必不助其所为。大概此种人可分为两种：第一种已得政府酬报或官职而不满意者；第二种尚未得政府酬报或官职者。弥君又询问，总统对于国会之希望？袁总统谓国会议员，均由人民选举，以助正式政府成立。余甚愿国会助余早日建设政府云。
第五节起兵之讨袁
七月十二日，江西都督李烈钧起兵讨袁，军于湖口。江苏、安徽、广东、福建、湖南相继宣布独立。然袁先有准备，军事布置与其能力，非满清之窳弱可比；而讨袁军起过迟，坐失时机，揭橥所在，不及排满与推翻专制之易于鼓动；又各省各自为谋，不能统一，而民党内部黄克强氏每事与中山先生左；民众则叠遭战祸，疮痍未复，厌乱已深；袁氏心迹尚未大显，未为一般民众所窥，民党信誉，亦有使民众怀疑之处，故讨袁军以六七省之地，数十万之众，不二月而为袁氏所底定焉。
李烈钧像
袁世凯觊觎非分，总理洞烛其隐，且以闽、粤势处海边，袁氏鞭长莫及，乃密令发动讨袁。两省以内部整理未就，旦有图取都督而代之者，未即动。又命湘省发难，谭延亦以种种不易情形报告之。总理乃派张继、马君武、邵元冲、白逾桓四人到赣授意，声罪讨袁。时袁世凯以余有欢迎总理莅赣之举，乃先派大员赴赣游说，且曰：“赴北京与袁世凯一晤，当以二百万元为寿，并晋给勋一位，”余不为动，且斥之曰：“余思建勋业于国家，岂丑类所得诱饵！”袁见不能利诱，嫉忌颇甚，欲去余尤急。余亦烛其奸思摆脱，乃卸江西都督之任。当张继等来时，余虑即时发动，世人或且以恋位见疑，乃先赴海上一行，面谒总理请示机宜，并会商与各省切取联络。诸友亦以为然。时江西省议会及全省人民均义愤填膺，余乃召集全省各高级官作一切准备。遂由九江乘轮赴沪，面受方略。后于民国二年七月十二日到赣之湖口，湖口水巡总监何子奇舣船待余，乃成立讨袁军总司令部，召集原驻湖口及随行高级官开一紧急会议。众推省议员杨赓笙[字咽（水）<冰>撰讨袁文（附件一）］，移时立就，并发出对外通电（附件二）及对党团公启（附件三），并令要塞鸣炮致贺。
讨袁军既宣布成立，乃在湖口召集师长刘世均、旅长何文斌、水巡总监何子奇、机关炮队长卓仁机、团长周璧阶、吴安伯等会议，决定宣布独立，通电各属与人民约法三章：“一、誓诛民贼袁世凯，二、巩固共和政体，三、保障中外人民生命财产。”并组织总司令部，设总司令一人，副司令二人，参谋总长一人，副二人。军法部长一人，下置三科；财政部长一人，下置三科；内政部长一人，下置六科；外务部长一人，下置四科；邮电部长一人，下置二科；军医部长一人，下置三科；军政署长一人，其组织另定之。
是时江西都督已由省议会公举欧阳武继任，讨袁军宣布独立后，省方亦表赞同，并布告人民（附件四），俾众周知。江西民气益加振奋矣。
部署初定，忽接要塞电话报告，谓江面到有楚字军舰四艘，对湖口作示威状。闻者颇惊异。顾余以为当援皖、援鄂时，对海军一二舰队曾尽友谊之援助，黄锤英、汤芗铭共事亦颇久，当不致有他敌，不欲示以防御。未几该舰等即向九江驶去。
自九江发动讨袁，数日即有战事。北军派李纯统兵至赣，旅长林虎与之战于瑞昌、德安间。初大破之，旋以北军械精粮足，次第增援，乃不敌。团长周壁阶以攻夺九江金鸡坡炮台死之。周为云南讲武堂优秀学生，由川间关随余，“出师未捷身先死”，滋可痛也（后由杨赓笙召集地方贤达，为周立墓于湖口）。又有余邦宪者，亦以团长阵亡。余勇浔湖之战，陷于不利，乃率所部退驻吴城，命炮兵营长刘凌扼守望夫亭，复命师长方声涛指挥一切。日盼湘、粤援军，然久不至。而北军陆海军均抵湖口，向吴城进。先以民船一艘伪装难民数十人迫近吴城，状似难民者俱跪船首作哀求状，刘凌为其所诳，未发炮。移时接近望夫亭，则伏兵登陆矣。方声涛挥刀斩数人，而吴城遂陷。
时有满载援军之两船，不知去向，余派小轮两艘遍江寻觅获之，命随余船行。复命讲武堂教官穆恩堂（山东人，亦日本同学）扼守鞋山，退却中之各军始获从容布置。余勉殿后，再为守南昌之计。比抵南昌而樵舍告急，城门复闭而不开，以电话告知宪兵司令廖伯琅，若少迟延开城，必予以严厉之处置；一面命第一营官兵越城而上，余始得入城。至都督府，廖伯琅逃赣州，守兵知其事乃捕获之电告余，余复电令解南昌法办。乃解至时，余已去，卒为李纯所杀。宗旨不定者，结果如此，可叹也。其时各高级官多已散去，财政司长魏斯灵亦携眷远走，不知去向（初有献周瑜印肴，篆文铜质，斑斓可观，余以此系国家至宝，不敢据为私有，当即交财政司保管。是时魏即逃去，该印亦不知落何人手矣）。是日接樵舍守军电话索浮桥，余命团长万勋搜集材料负架设之。责翌日竣事，而北军已到牛行附近矣。有邓祖禹者，奉余命统率江西内河各小轮，整顿成绩颇佳，兹乃密嘱其准备快轮两艘，待余予寺步门外。余见李纯军势方张，湘、粤援军又久不至，而赣军苦战弹
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